FLORA
Podemos enmarcar al municipio en la serie luso-extremadurense silicícola de la encina (según síntesis corológica desarrollada por Rivas Martínez(1979-83).
La serie mesomediterránea luso-extremadurense silicícola de la endina de hojas redondeadas o carrasca se corresponde en su etapa madura a un bosque esclerófilo en el que con frecuencia existe el peral silvestre, así como en ciertas zonas de umbrías, alcornoques o quejigos. El uso más común en estas zonas, en los que predominan suelos de carácter silíceo bastante pobres, es el ganadero. Debido a esta situación, los bosques primitivos han sido tradicionalmente transformados a base de eliminar gran número de árboles y prácticamente todo el soto bosque, dando como resultado el paisaje adehesado. Las prácticas ganaderas, como la cría de ganado lanar, ha ido favoreciendo el desarrollo de ciertas especies vegetales vivaces y animales, que con el tiempo conforman en los suelos un tipo de pastizal de gran valor ganadero, denominado majadal, que tiene la cualidad de producir biomasa tras las primeras lluvias importantes del otoño y de resistir muy bien el pisoteo y el intenso pastoreo.
En las etapas preforestales, marginales y sustitutivas dela encina, son comunes la coscojosa y otros arbustos perennifolios que forman las maquias o altifruticetas.
La erosión o destrucción de los horizontes superiores del suelo, ricos en materia orgánica, supone la extensión de los jarales y una pérdida irreparable de fertilidad del suelo debido a que éstos forman una materia orgánica difícilmente humificable
Formaciones vegetales existentes
En el término municipal, en cuanto a usos del suelo se refiere, muestra una acusada dominancia de superficies agrarias, en detrimento de superficies de vegetación natural o repoblada.
La vegetación climática ha desaparecido en gran medida, y se circunscribe casi por completo a zonas marginales, terrenos pobres o pedregosos. Vegetación natural se puede encontrar en las zonas altas de las Sierras Trapera y de la Mesegara, y en sus laderas norte. A esto habría que añadir las zonas del Río Zújar en las que se conservan manchas de vegetación de ribera.
Las riberas de los ríos han sufrido en los últimos decenios una fuerte degradación de los bosques galería, principalmente por la presión agrícola.
Así, el cauce principal de Valsequillo, el Río Zújar, no tiene un dosel de vegetación continua, si bien presenta manchas de vegetación riparia en alguno de sus tramos. En estas zonas abundan las adelfas, eneas, carrizos, juncos, mimbreras, etc.
Las especies arbóreas que debieran estas áreas de vegetación de ribera: sauces, álamos, fresnos, etc., se presentan únicamente como individuos aislados y de escaso porte, estando los tramos más arbolados ocupados por tanajales.
En el término, la vegetación adaptada a la falta de recursos hídricos es muy abundante, pudiéndose encontrar, de manera más o menos densa, por todo el municipio. La encina es la especie más abundante. Otras especies típicas de esta zona: jarales y matorrales mediterráneos (lavandas, jaras, lentiscos, etc.)
FAUNA
La fauna del término municipal corresponde a comunidades sometidas a presión horaria, mostrando una escasa diversidad y una fuerte variabilidad temporal las comunidades más estables y diversas corresponden a hábitat con arbolado y a las formaciones riparias.
Mamíferos
La existencia de mamíferos está muy influenciada por factores autrópicos, tales como las actividades cinegéticas y las prácticas ganaderas y agrícolas.
Las especies que se pueden encontrar en la zona son: zorro, gato montés, jabalí, venado, garduña, gineta, turón, tejón, comadreja, conejo y liebre.
Especies como el jabalí, el ciervo, la liebre y el conejo, especies cinegéticas por excelencia, son objeto de fomento por parte de la población, lo que hace que se alcancen densidades bastante elevadas de éstas.
Una especie de especial interés es la nutria que se puede encontrar en las aguas del Río Zújar.
Aves
La avifauna presente en el término municipal es la comunidad más numerosa en cuento al número de especies. Algunas de las más abundantes son: perdiz, sisón, avutarda, urraca, arrendajo, mojino, graja, cuervo, gorrión, oropéndola, tordo, mirlo, cogujada, alondra, pico carpintero, ruiseñor, jilguero, verderón, chotacabras, abubilla, camacho, vencejo, avión, coneja.
En el municipio también se puede ver rapaces: Gavilán de los Pedroches, buho, cernícalo, mochuelo, cárabo y lechuza. En la zona de Valsequillo también nidifican especies emigrantes: codorniz, paloma torcaz, zorzal, tórtola, estornino, cigüeña, grulla, golondrina, avefría, triguero, cuco, pitorra, lavandera o fifita, y otras.
Al igual que en los mamíferos existen especies tradicionalmente explotadas cinegéticamente, perdiz y tórtola por ejemplo, que se fomentan por parte de los cazadores. En el término municipal de Valsequillo se pueden encontrar zonas que constituyen hábitat ideales para especies esteparias. Algunas de las más importantes de éstas, por su escasez y singularidad, son el sisón, la grulla o la avutarda que se han adaptado a la vida en las llanuras cerealistas. La avutarda, la mayor especie voladora europea, es de especial interés por encontrarse en peligro grave de extinción. Todas estas especies que habitan en estepas cerealistas se enfrentan al problema del uso de variedades de cereal de crecimiento rápido, que no les permite sacar adelante a sus polluelos antes del paso de las cosechadoras.
Peces
Es en el río de mayor entidad, el Zújar, donde mayor abundancia de peces existe, fundamentalmente en las pozas y zonas de mayores caudales. Las especies que se pueden encontrar en los cauces fluviales de Valsequillo, y especialmente en el Zújar, son: barbos, lucios, jarabugos, pardillas, etc,.
El fraile, especie en peligro de extinción, se puede observar en aguas del Zújar, siendo, sino la única, una de las pocas poblaciones existentes en toda Andalucía.
Reptiles
La fauna herpetológica existente es poco variada, reduciéndose a especies como los ripéridos, tropidorótidos y algunos lacéntilos.
Anfibios
Este grupo es uno de los menos numerosos debido a la escasez de zonas húmedas. Se pueden encontrar el sapo, la rana y algunos ejemplares de salamandra.
Insectos
La fauna entomológica no presenta particularidades de interés, exceptuando quizás los daños que producen las plagas de lagarta peluda, lagarta rayada, lagarta colorada y oruga, al defoliar los encinares.
Artrópodos
En los cauces fluviales de Valsequillo existe el problema de la regresión de la población autóctona de cangrejo de río por la introducción del cangrejo rojo americano, portador delos hongos que producen la conocida como peste de los cangrejos, la afanomicosis, inofensiva para la especie alóctona y letal para la autóctona.