En Valsequillo tan sólo existe una figura de protección supramunicipal. Son los Planes Especiales de Protección del Medio Físico (PEPMF), que fueron desarrollados por la Dirección General de Ordenación del Territorio y Urbanismo de la actual Consejería de Obras Públicas y Urbanismo de la Junta de Andalucía.
El 21.88% del término municipal de Valsequillo forma parte de los PEPMF, correspondiendo con el 75.81% de la Sierra de la Trapera, el 19.41% del Río Zújar-Guadamatilla y el 7.78% a la Sierra del Cambrón.