El término municipal de Valsequillo se localiza en la zona más septentrional de la Sierra Morena Andaluza, al norte de la provincia de Córdoba. Dicha sierra pertenece al macizo hercínico de la Meseta Ibérica, constituido por materiales precámbricos y paleozoicos plegados en la orogenia hercínica durante el Carbonífero. Presenta una alineación estructural dominante de dirección noroeste-sureste.
En el municipio de Valsequillo dominan las rocas de origen metamórfico, tales como pizarras, cuarcitas y areniscas, encuadradas dentro del Devónico, que mantienen la dirección NO-SE de las estructuras hercínicas. Al sur del municipio existen diversos afloramientos de rocas ígneas que incluyen rocas volcánicas antiguas, granitos, sienitas, etc. Al norte de la Sierra de la Mesegara y de Sierra Trapera se localiza un área en la que se han acumulado rocas sedimentarias, como gravas y arcillas procedentes de alteraciones de pizarra arcillosa, coluviones de cantos angulosos, etc. , cuyo origen se remonta al Cuaternario.
Desde el punto de vista geomorfológico se distinguen cinco zonas diferenciadas: cuatro de ellas de morfogénesis estructural y una de carácter fluvio-coluvial.
La más importante de todas ellas, debido a su mayor extensión en el municipio, es la morfología de tipo “Colonias y superficies de aplanamiento”, resultante de los procesos erosivos sobre el antiguo macizo hercínico, que engloba una fisiografía peculiar de colinas y superficies de erosión sobre estratos que han sufrido numerosos retoques orogénicos que la hacen aparecer con buzamientos muy acentuados, esta morfología se corresponde con las rocas metamórficas del Devónico descritas anteriormente.
De manera discontinua aparece una morfología de tipo “Alineación montañosa: medio estable”. Este tipo de morfología se da en la Sierra del Pozo, en la Sierra de la Mesegara y en la Sierra Trapera, siendo estas zonas las de mayores alturas y pendientes de todo el término, aún así la baja erosibilidad de los materiales de estas zonas da lugar a una dinámica erosiva no demasiado acusada.
Los otros dos tipos de morfologías estructuradas existentes, “Relieve montañoso con influencia de fenómenos endógenos” y “Relieve tabular monoclinar y aclinar”, se corresponden con los afloramientos de rocas de origen ígneo en los alrededores del núcleo de Valsequillo.
Al norte de las Sierras Trapera y de la Mesegara se da una morfología de tipo “Coberteras detríticas en general” en la que se han desarrollado las rocas sedimentarias cuaternarias presentes en el municipio.
Los suelos de Valsequillo son en general poco o muy poco fértiles.
Esta circunstancia hace que los usos más extendidos dentro del municipio sean de carácter forestal-ganadero y cultivos extensivos en secano. El paisaje adehesado y las llanuras cerealistas se repiten a lo largo de todo el municipio, si bien existen otros usos agrícolas de menor importancia, atendiendo a la superficie que ocupan en el municipio, tales como olivares, pastizales, etc.
Dentro del término municipal, y más concretamente al sur del núcleo de Valsequillo, de mayor potencialidad agrológica que el resto de suelos anteriormente mencionados. Aún así, en estos suelos los usos dominantes también son los cultivos herbáceos en secano, si bien aparecen algunas manchas de olivar. Tras lo expuesto se puede decir que la potencialidad agrológica de los suelos es escasa y la forma de uso que más aparece y mejor se adapta a sus cualidades es la dehesa.